Die erste Mission der Voyager unter Captain Kathryn Janeway besteht darin in den Badlands nach einem verschwundenen Maquis-Schiff zu suchen - dessen Crew auch Janeways Sicherheitsoffizier Tuvok gehört, der in einem geheimen Auftrag unterwegs ist. 

Als die Voyager in die Badlands fliegt, wird sie von einem Tetryonstrahl getroffen und von einer polarisierten magnetischen Verschiebungswelle erfasst. Sie versetzt das Schiff 70000 Lichtjahre weit in den Delta-Quandranten in der Nähe einer Sonne vom G-Typ. 

Die Voyager entdeckt das Maquis-Schiff und eine technisch hoch entwickelte Raumstation, geschaffen von einem Wesen, das man Fürsorger nent. Diese Entität stirbt kurze Zeit später. Janeway muss die Raumstation vernichten um der Ersten Direktive zu genügen. Dadurch kann die Voyager nicht zur Föderation zurückkehren. 

Ein Ende der Mission ist nicht in Sicht.Janeway nimmt auch die Besatzung des Maquis-Schiffes auf, als  ieses von den Kazon zerstört wird. Der Maquis-Captain Chakotay, ein früherer Starfleet-Offizier, erklärt sich dazu bereit die Pflicht des Ersten Offiziers wahrzunehmen. B’Elanna Torres, halb Mensch und halb Klingone, wird zum Chefingenieur der Voyager. Als Arzt dient ein für medizinische Notfälle bestimmtes holographisches Programm. 

Die Voyager ist von den Nachschubquellen der Föderation abgeschnitten und muss Antimaterie-Treibstoff für den langen Rückflug zum Alpha-Quadranten sparen. Deshalb werden gelegentlich Beleuchtungselemente ausgeschaltet und aus dem gleichen Grund unterliegt die Nutzung des Holodecks Beschränkungen. 

Angesichts der knappen Energie musste auch die Verwendung der Replikatoren rationiert werden. Die Lebensmittelvorräte werden mit Hilfe eines hydroponischen Gartens gedeckt, um den sich Kes kümmert - eine Ocampa, die sich der Voyager-Crew hinzugesellte. Ihr Gefährte, der Talaxianer Neelix, ist in die Rolle des "Moraloffiziers" und Chefkochs geschlüpft.Neelix kennt viele Planeten und Völker von seinen früheren Reisen. Doch als das Schiff tiefer in den Delta-Quadranten vorstößt, wird das Katalogisieren aller neuen Welten und Lebensformen zu einer der wichtigsten Aufgaben. 

Selbst wenn die Voyager mit einer Dauergeschwindigkeit von Warp 9,9 fliegen könnte würden sie 75 Jahre brauchen um die Föderation zu erreichen. 70000 Lichtjahre von der Heimat entfernt muss die Crew eine Abkürzung durch den Delta-Quadranten finden um die Erde zu erreichen. 

Die normale Fluggeschwindigkeit beträgt Warp 6, aber die Dauergeschwindigkeit kann bis Warp 9,975 erhöht werden. Die Voyager verwendet eine neue Triebwerkskonfiguration: Warpgondeln mit variabler Geometrie. Bei Unterlichtgeschwindigkeit bleiben die Gondeln in der traditionellen, tiefen Position, was ein flacheres Profil zur Folge hat. Bei Aktivierung des Warptriebwerkes neigen sich die Gondeln nach oben. Dadurch wird verhindert, dass sich das Warpfeld schädlich auf die Struktur des Raums auswirkt. 

Die Voyager verfügt über genug Treibstoff für 3 Jahre. Der Antimaterie-Generator an Bord, ein quantenmechanischer Ladungsumkehrer, kann nicht genug Antimaterie für eine lange Mission liefern. 

Das Schiff hat zwei Computerkerne, einen im Zentrum des primären Rumpfs, den anderen im Maschinenraum. Ein optisches Datennetzwerk verbindet diese beiden Kerne mit dem Rest des Schiffes. Informationen werden in isolinearen optischen Chips gespeichert. Sie bestehen aus isochromatischen linearen Speicherkristallen. 

Das Computersystem verwendet auch bioneurale Schaltkreise. Neutrale Gelmassen aus synthetischen Neuronen in einem Nährgel ersetzen in der Voyager die sonst üblichen Schaltkreise. Die Gelmassen basieren auf der organischen Struktur des menschlichen Gehirns und erreichen eine höhere Verarbeitungsgeschwindigkeit als isolineare Chips. Sie sind auch imstande auf der Grundlage von "Vermutungen" Entscheidungen zu treffen ohne alle Möglichkeiten zu berechnen. 

Die Voyager kann außerdem auf der Oberfläche eines Planeten landen. Ein energetisches Polsterungssystem absobiert dabei die strukturelle Belastung. Vier Kraftfelder, die ihre Energie aus dem Warpkern betiehen, erlauben es dem Schiff über dem Boden zu schweben und sanft aufzusetzen ohne dass die Außenhülle beschädigt wird. 

Die Voyager ist eines von nur zwei Schiffen der Intrepid-Klasse und stellt einer der modernsten Forschungsschiffen von Starfleet dar. 

Und als das einzige Raumschiff der Sternenflotte, das im Deltaquadranten unterwegs ist, folgen wir weiterhin unserer Direktive: Neue Welten zu suchen und das Weltall zu erforschen. 
Aber unser primäres Ziel ist klar, selbst bei Maximalgeschwindigkeit würde es 75 Jahre dauern die Föderation zu erreichen. Aber damit werde ich mich nicht abfinden, irgendwo da draußen gibt es ein zweites Wesen wie den Fürsorger, das die Fähigkeit besitzt uns viel schneller zurück nach Hause zu bringen. Wir werden es suchen. Wir werden nach Wurmlöchern Ausschau halten, nach Spalten im Raum und nach neuen Technologien, die uns weiterhelfen können. 
Irgendwo auf dieser Reise werden wir einen Weg zurückfinden. 

Das Trio griff also wieder auf ein Raumschiff auf Reisen als Bühne für abenteuerliche Erlebnisse der Serienhelden zurück. Allerdings sollte diesmal nicht ein Koloß von den Ausmaßen der Enterprise souverän seine Kreise im All drehen: Das Raumschiff Voyager ist sozusagen ein   High-Tech-Flitzer unter den Schiffen der Sternenflotte, gegen den etwa Picards Enterprise wie ein luxoriöses, aber etwas behäbiges Kreuzfahrtschiff wirkt. Zeitlich sind die Abenteuer der Voyager parallel zu denen der Picard-Enterprise und DS9 angesiedelt. 

Mit 200 Mann Besatzung und modernster Technick ausgestattet, soll die Voyager Aufgaben übernehmen, für die Schiffe wie dei Enterprise zu groß und schwerfällig sind. Und genau bei diesem Job passiert jenes Unglück, auf dem die Kernstory der Serie basiert: In der Pilotfolge "The Caretaker" (Der Fürsorger) befördert eine mysteriöse Macht, die mit einem enormen Energiepotential ausgestattet ist, das schmucke Schiffchen (es ist nur halb so groß wie die Enterprise D) an den Rand der Galaxie. Von hier aus würde es mit knapp Warp 10 etwa 75 Jahre dauern, ehe die Voyager wieder die Erde erreichen würde. Wenn überhaupt, dann würde also die Besatzung den Begrüßungscocktail bei der Rückkehr allenfalls im Altenheim aus der Schnabeltasse zu sich nehmen könne, sofern es ihr nicht gelingt, einen schnelleren Weg zurück - etwa ein Wurmloch, das Raum und Zeit nahezu aufhebt - zu finden.

Zur ursprünglichen Voyager-Besatzung, die bei dem gewaltigen Satz durch das Weltall dezimiert wurde, stoßen noch Besatzungsmitglieder eines Raumschiffs der Maquis-Rebellen, jenen Freiheitskämpfern hinter denen die Voyager eigentlich her war. Auch das Maquis-Schiff wurde von einer gigantischen Energiewelle in den Deltaquadranten, an den Rand der Galaxie katapultiert. Nun sitzt man gemeinsam tief in der interplanetarischen Patsche. Denn Hilfe von der Föderation ist nicht zu erwarten. Gemeinsam begeben sich die Sternenflotten-Crew und die Rebellen auf die Suche nach einem Weg zurück in heimatliche Regionen. Die Voyager-Crew kommt zwar bereits im Pilotfilm in den Besitz jener Apparatur, die sie in diesen entlegenen Winkel der Galaxie befördert hat und infolgedessen auch wieder zurückbefördern könnte. Man entschließt sich jedoch, diesen Apparat zu zerstören, um nicht das Überleben des Volkes Ocampa zu gefährden. Außerdem wäre sonst schließlich die ganze Hintergrundstory und damit die Basis für viele, viele weitere Folgen dahin gewesen.

Das verständlicherweise nicht sehr harmonische Verhältnis zwischen den Rebellen und den Sternenflottenmitgliedern auf der Voyager verlangt von dessen Kommandanten besondere Umsicht und Durchsetzungsfähigkeit. Diesen Job erledigt auf dem neuen Star Trek-Schiff erstmals eine Frau: Captain Cathryn Janeway. Nachdem sich unter Janeways Kommado die Voyager-Besatzung und die Maquis zusammengetan haben, übernimmt der Maquis-Commander Chakotay die Position des 1. Offiziers.
Beide haben alle Hände voll zu tun, um die Rebellen auf der einen und die Restcrew auf der anderen Seite zu einem Team zusammenzuführen. Gelingt dies Janeway und Chakotay nicht, stehen die Chancen für eine baldige Rückkehr zur Erde noch schlechter, als ohnehin der Fall ist. Zumal sich in dieser abgeschieden Ecke des Universums einige Völker herumtreiben, die sich zum Teil als äußerst unangenehme Zeitgenossen erwiesen. 

Darunter befindet sich etwa das Volk der Kazon. Diese zur Gewalttätigkeit neigenden Humanoiden bestreiten ihren Lebensunterhalt in erster Linie mit Überfällen auf Schiffe interstellarer Nachbarn. Die Kazon sind nach einem strengen militärischen Kodex organisiert. Droht Gefangenschaft, so wählen sie lieber den Freitod. Schon mehrfach haben sie versucht, die Voyager zu zerstören.
Als die Voyager in diesen abgelegenen Raumsektor katapultiert wird, sind die Baneaner und die Numiri, zwei Völker, die einmal auf dem selben Planeten wohnten, gerade dabei, sich gegenseitig die Köpfe einzuschlagen. Janeway und ihre Crew geraten zeitweise mitten in diese außer Kontrolle geratene Nachbarschaftsfehde.

Im Streit mit den Haakoniandern haben die Talaxianer den kürzeren gezogen - sie mußten ihren Heimatplaneten verlassen. Ein Talaxianer namens Neelix stößt zur Voyager-Crew. An seiner Seite befindet sich die junge Kes. Die gehört zu den Ocampa, einem Volk, das unter der Oberfläche eines verwüsteten Planeten lebt. Die Ocampa haben eine Lebenserwartung von nur neun Jahren.

Den Vidiianern nützt auch die beste Feuchtigkeitscreme nichts mehr. Sie sind von einer mysteriösen Seuche derart entstellt, daß ihr scheußliches Aussehen jedem Zombiefilm zur Ehre gereichen würde. Abgesehen von ihrem desolaten Äußeren haben sie die dumme Angewohnheit, ihre Organe, die ebenfalls von der Seuche zerstört werden, durch Organe von anderen Lebewesen zu ersetzen, ohne diese vorher zu fragen. Für die unfreiwilligen Spender ist die Selbstbedienungspraxis der Vidiianer natürlich höchst lebensbedrohlich. 

Ganz anders benehmen sich da die Sikarianer. Sie pflegen einen eher mondänen Lebensstil, lieben die Kunst des Geschichtenerzählens und freuen sich immer, wenn Gäste vorbeischauen. Strikt ins Jenseits ist der Blick der Vhnori gerichtet. Sie glauben an ein besseres Leben nach dem Tod und helfen angesichts dieser Aussichten auch schon mal selbst nach.
Die Voyager trifft natürlich auch auf bereits etablierte Star Trek-Völker, wie zum Beispiel die Romulaner und die Borg.